方法很简单，但需要有耐心和一定的技能，方法是：
用双手握住一支真空管来回旋转，使其与水箱处的密封圈分离松动，然后往水箱里推一段，当底部可以和底座分离开来后，再把真空管往外拉出来，把水倒掉，然后再加一些清洁的水，涮一涮再倒掉，这样反复几次，彻底涮干净后再拆卸清洁下一个，全部清洁完后，往水箱里加水，冲洗水箱内的水垢杂物，然后逐个安装好真空管就可以了，安全前应仔细检查水箱安装孔处的密封圈是否完好，如果有破损老化的，应更换新的密封圈。
真空管内的水垢都是漂浮在水里的，不会像保温瓶里的水垢粘贴在水胆内壁上，所以清洁起来比较简单，但拆卸时一定要小心，用力不要猛，避免损坏真空管。1、在水箱里的水全部放完时，分别把每支真空管用双手握住来回转动，使真空管与水箱上的密封圈松动，然后往水箱里推；
2、当真空管底部能够从固定底座上取出时，再把真空管从水箱里往外拉出；
3、把取出的真空管里的水倒掉，水垢就倒出来了，水垢都是在真空管与水混合的，不会像保温瓶水胆那样粘贴在真空管的四周，然后再往真空管里加一些干净的水，涮干净，这样反复几次真空管就清洁干净了，逐个把每支真空管都清洁干净，逐个查看水箱每个真空管安装孔上的密封圈是否完好，如果有破损的，应更换新的密封圈，以防止水箱里的水从真空管密封圈处渗漏；
4、然后往水箱里上水，当水从水箱安装真空管的孔处流出后，此时再逐个把真空管安装到水箱上，清洁水垢的工作就算完成了。
5、清洁太阳能热水器水箱里的水垢应定期进行，一般要根据当地的水质情况而定，不需要频繁清洁。
6、平时使用太阳能热水器时应注意，水箱里的水温在低于75度时，就不容易产生水垢，所以夏天或春秋季时，要根据天气情况加水，如果太阳好，水箱内的水应随用随加，这样水温就会随着加注自来水而下降，避免水垢的产生。太阳能热水器清理的方法：
1.拧开热水口螺帽，用手堵住热水口（注意确保热水器中无热水，以防烫伤），防止热水器的水流出。
2.同时拧开冷水口螺帽，接上软管(花洒管子即可)排水，直到冷水口没有水流出为止，50L的热水器，排水大约1个小时。
3.卸下接在冷水口上的软管，将软管一头接到热水口，一头接到水龙头，打开水龙头灌水1分钟，并堵上冷水口。
4.让冷水在内胆里面多放一会儿，再打开冷水口排水，反复几次，直到排出的水干净为止。
5.拧上冷水口、热水口的螺帽，打开三角阀，并打开热水器水龙头的热水，等水流出后，关闭即可。